Hafnarsjóður rekur hafnir í öllum sjö bæjarkjörnunum Fjarðabyggðar, en það eru hafnirnar á Mjóafirði, Norðfirði, Eskifirði, Reyðarfirði, Fáskrúðsfirði, Stöðvarfirði og Breiðdalsvík. Norðfjarðarhöfn er ein stærsta fiskihöfn landsins og á Fáskrúðsfirði er einnig stór fiskihöfn. Á Eskifirði og Reyðarfirði eru fiski- og vöruflutningahafnir. Frá Breiðdalsvík, Stöðvarfirði og Mjóafirði eru aðallega stundaðar smábátaveiðar. Mjóeyrarhöfn við Reyðarfjörð er með stærri vöruflutningahöfn landsins. Höfnin heyrir undir Reyðarfjarðarhöfn. 

Alla almenna þjónustu er að fá í Fjarðabyggðarhöfnum. Fjölmörg öflug og traust fyrirtæki eru til staðar sem reiðubúin eru að veita úrvals þjónustu, hvort heldur er á veiðarfærum, skipum eða búnaði. Er jafnan leitast við að mæta öllum þörfum skips og áhafnar. Skipulag hafnarsvæða tekur mið af þeirri fjölbreyttu starfsemi sem þar fer fram. Með stækkun Norðfjarðarhafnar hefur athafnasvæði við fiskihöfnina aukist til muna. Þá hafa Fjarðabyggðarhafnir milligöngu um ýmsa þjónustu sé þess óskað.

Norðfjarðarhöfn er stærsta fiskiskipahöfnin í Fjarðabyggð. Meginstarfsemi hennar fer fram á hafnarsvæðinu innst í firðinum. Útgerð og fiskvinnsla stendur hér á gömlum merg og má sækja alla hafnarþjónustu til Neskaupstaðar, s.s. vegna löndunar, veiðarfæra, olíuafgreiðslu, frystingar, vöruflutninga og rafeindabúnaðar. Þá er fiskmarkaður, ísverksmiðja og ýmsar gerðir vélaverkstæða einnig í næsta nágrenni hafnarinnar. Í Neskaupstað er bankaþjónusta í boði, hraðbankar, pósthús, heilsugæsla, lyfjaverslun og tannlæknaþjónusta. Einnig dagvöruverslanir, ýmsar sérverslanir, veitingastaðir og kaffihús. Fjórðungssjúkrahúsið í Neskaupstað veitir læknisþjónustu og bráðaþjónustu í samstarfi við Slökkvilið Fjarðabyggðar.

Eskifjarðarhöfn er stór fiski- og vöruflutningahöfn. Útgerð og fiskvinnsla á sér langa á Eskifirði og þangað má sækja alla hafnarþjónustu, s.s. vegna löndunar, veiðarfæra, olíuafgreiðslu, frystingar, vöruflutninga og rafeindabúnaðar. Þá er fiskmarkaður, ísverksmiðja og vélaverkstæði einnig í næsta nágrenni hafnanna. Aðstaða fyrir skemmtiferðaskip er enn fremur í Eskifjarðarhöfn og hefur það svæði hafnarinnar verið afmarkað sérstaklega. Á Eskifirði er matvöruverslun, pósthús, hraðbanki og heilsugæsla. Lyfjaverslun er opin hluta úr degi. Þar eru einnig veitingarstaðir og kaffihús. Fjórðungssjúkrahúsið í Neskaupstað veitir læknisþjónustu og bráðaþjónustu í samstarfi við Slökkvilið Fjarðabyggðar.

Á Reyðarfirði eru tvær hafnir við fjörðinn norðanverðan, Reyðarfjarðarhöfn, sem er stór fiski- og vöruflutningahöfn og Mjóeyrarhöfn, stærsta vöruflutningahöfn Fjarðabyggðar. Mjóeryarhöfn er enn í þróun og er með helstu þróunarsvæða Fjarðabyggðar vegna hafnsækinnar starfsemi. Þá er aðsetur Slökkviliðs Fjarðabyggðar er skammt frá höfninni. Til Reyðarfjarðar má sækja alla helstu hafnarþjónustu, s.s. vegna löndunar, veiðarfæra, olíuafgreiðslu, frystingar, vöruflutninga og rafeindabúnaðar. Reyðarfjarðarhöfn stendur við miðbæ Reyðarfjarðar. Skammt frá Ellinu og smábátahöfninni er verslunarmiðstöðin Molinn, bankar, harðbankar, veitingahús og kaffihús. Einnig er heilsugæsla og tannlæknaþjónuta miðsvæðis á Reyðarfirði. Pósthús er nokkru innra eða skammt frá innkeyrslunni í bæinn. Fjórðungssjúkrahúsið í Neskaupstað veitir læknisþjónustu og bráðaþjónustu í samstarfi við Slökkvilið Fjarðabyggðar.

Starfsemi Fáskrúðsfjarðarhafnar teygir sig út eftir strandlengju bæjarins með tveimur löndunarbryggjum við ytri mörk þéttbýlisins og smábátahöfn innri mörk. Höfnin er stór fiskihöfn og hefur útgerð og fiskvinnsla alla tíð verið stór hluti af bæjarlífinu á Fáskrúðsfirði. Öll hafnarþjónusta er til staðar, s.s. vegna löndunar, veiðarfæra, olíuafgreiðslu, vöruflutninga og rafeindabúnaðar. Þá er fiskmarkaður, ísverksmiðja og vélaverkstæði einnig á staðnum. Á Fáskrúðsfirði er matvöruverslun, pósthús, hraðbanki, heilsugæsla og tannlæknaþjónusta. Þar eru einnig veitingarstaðir, kaffihús og vinsæll handverksmarkaður. Fjórðungssjúkrahúsið í Neskaupstað veitir læknisþjónustu og bráðaþjónustu í samstarfi við Slökkvilið Fjarðabyggðar.

Stöðvarfjarðarhöfn er fjölsótt bátahöfn. Hafnartarfsemi byggir að mestu leyti á smábátaútgerð og þjónustu við smærri fiskiskip. Hægt er að fá alla þjónustu á Stöðvarfirði, ýmist á staðnum eða frá nærliggjandi byggðarlögum, s.s. viðgerðarþjónustu, veiðarfæraþjónustu, olíuafgreiðslu og rafeindaþjónust. Starfræktur er fiskmarkaður á Stöðvarfirði sem þjónar bátum sem þar landa. Á Stöðvarfirði er verslun, heilsugæsla, hraðbanki, veitingastaðir og kaffihús. Á sumrin er starfræktur vinsæll handverksmarkaður í gamla saltverkunarhúsi staðarins. Fjórðungssjúkrahúsið í Neskaupstað veitir læknisþjónustu og bráðaþjónustu í samstarfi við Slökkvilið Fjarðabyggðar.

Mjóafjarðarhöfn er ein minnsta höfn landsins og þjónar aðallega smábátaúrgerð staðarins. Viðhalds- og viðgerðarþjónusta er sótt til Norðfjarðar. Á sumrin er veitingasala í ferðaþjónustunni Brekku, steinsnar frá höfninni. Fjórðungssjúkrahúsið í Neskaupstað veitir læknisþjónustu og bráðaþjónustu í samstarfi við Slökkvilið Fjarðabyggðar.