Leikskóli hóf starfsemi á Reyðarfirði árið 1963, þá var stofnaður skóli sem starfaði þrjá mánuði á ári yfir sumarið og var til húsa í grunnskólanum. Svona var fyrirkomulagið næstu árin. En smá saman óx eftirspurnin eftir leiskólaplássi og árið 1977 hóf skólinn starfsemi sem heilsárs leikskóli og var þá til húsa í Hermes á Reyðarfirði, húsinu sem nú hýsir Skólaskrifstofu Austurlands.
Það var svo árið 1984 að Lyngholt flytur í núverandi húsnæði við Heiðarveg. Árið 1985 tók frú Vigdís Finnborgadóttir húsnæðið formlega í notkun og gaf um leið skólanum nafnið Lyngholt. Húsnæðið við Heiðarveg var svo stækkað á árunum 2004 - 2006 og nýbyggingin tekin í notkun í lok árs 2006.
Lyngholt hefur á þessum 40 árum sem liðinn eru frá stofnunn vaxið og dafnað og er í dag 5 deilda leikskóli með 100 börn og um 30 starfsmenn. Í Lyngholti hafa menn tileinkað sér vinnuaðferðir sem eru í anda Uppeldi til ábyrgðar ásamt því að tekið er mið af fjölgreindarkenningu Howards Gardners og einkunarorð skólans eru í anda Gardners " Allir geta eitthvað, enginn getur allt".
Fjarðabyggð vill óska Lyngholti til hamingju með 40 ára afmælið.