HAFNARSTJÓRN
Hafnarstjórn hefur umsjón með fjármálum, rekstri, viðhaldi og nýbyggingum hafnarinnar. Bæjarstjórn fer með yfirstjórn hafnarmála en framkvæmdastjórn er falin hafnarstjórn og framkvæmdastjóra Fjarðabyggðarhafna. Stjórnin starfar samkvæmt reglugerð sem sett er um störf hennar.
Hafnarstjórn hefur ákvörðunarvald um rekstur hafnarinnar, svo sem ráðstöfun á aðstöðu, s.s. leigu á húsnæði í eigu hafnarinnar og á landi hennar. Hún veitir leyfi til starfsemi á hafnarsvæðinu og gerir tillögur til bæjarstjórnar varðandi skipulagsmál á hafnarsvæðinu eftir að tillögurnar hafa fengið umfjöllun umhverfis- og skipulagsnefndar.